1. В большинстве случаев моделирование бизнес-процессов не приносит снижение затрат в процессах. Это обосновывается тем, что существующие функции уже оптимизированы и следующий этап оптимизации может быть только после проведения анализа динамики бизнес-процессов в контексте достижения поставленных целей. Если руководство  организации не поставит цель снизить   затраты в бизнес-процессе и не выработает мероприятия по реализации этой цели — результата не будет.

2. Бизнес-процесс не может сам себя оптимизировать. Только моделирование бизнес-процессов не принесет плодов оптимизации. Необходим постоянный анализ этих бизнес-процессов на способность достигать цели и разрабатывать мероприятия по достижению этих целей.

3. Моделирование бизнес-процессов и дальнейшая эксплуатация системы не возможна без прямого участия высшего руководства.

4. Диаграмма процесса и процедуры в разных нотациях (IDEF0, Cross Functional Flowchart, EPC, BPMN и т.д.) не является результатом (документом) для использования работниками. В большинстве случает, эти диаграммы не понятны работниками организации или понимаются не верно. В зависимости от уровня компетентности работников организации необходимо создавать отдельные регламенты, на базе модели бизнес-процессов, которые будут понятны работниками (начиная от графических методов, заканчивая автоматизацией определенного процесса). диаграммы процессов и процедур — это только «скелет» функций организации, который должен обрасти «мышцами».